COVID-19, ゲノムシーケンス追跡Update.
今までの感染症の追跡とCOVID-19との最大の違いは、ゲノムシーケンスの調査、共有、追跡に尽きる。（NextStrain、GISAIDによる。世界中の研究者が自主的に2020年7月14日現在までに、６万６千株以上をアップロードしている。以下は、その最新解析結果である。）
今まで、詳細に報告しており、RNAエンベロープタイプのCOVID-19は２週間に一回のペースで変異を繰り返しており、数千種以上の株が報告登録されており、それらは、基本現在においては７種類に類別される。そのうちのS、L（初期の代表的な２種類のCladeについては、超多数回、超詳細に紹介した。）
現在ではさらに強力化した、G種と、その派生である、GR種とGH種が主流となっている。そのうちでもGH種は、他の種類に比べ６倍の速さで感染していくため、アジアにおいても主流となっている。
これ（ゲノムシーケンス調査）を徹底的にやっているのが韓国であるが、具体的に527人のゲノム検査の結果、333人がGH株（Strain）であることが判明している。多数の検査（PCR）によって押さえ込んだとされた韓国も再燃しつつあるが、主たる感染クラスタは、ナイトクラブである。
第二波が、一波を超えるとはよく言われるが、まさに感染力の強い株が優位となるためである。
現在の７つのCladeとその詳細(9つのマーカーで識別される)。
基本初期のS,Lから、Vを経由し、Gが主流（50％を越える）となった。それが分化し、GHとGRが現在の主流となっている。
「
S: C8782T,T28144C includes NS8-L84S
L: C241,C3037,A23403,C8782,G11083,G25563,G26144, T28144,G28882 (WIV04-reference sequence)
V: G11083T,G26144T NSP6-L37F + NS3-G251V
G: C241T,C3037T,A23403G includes S-D614G
GH: C241T,C3037T,A23403G,G25563T includes S-D614G + NS3-Q57H
GR: C241T,C3037T,A23403G,G28882A includes S-D614G + N-G204R
」
この６種に加え、その他O（Others）を含め、７種とするのが現在の区分けである（GISAIDがNextStrainとともに作成しており、WHOもそれに従っている。）
・Clade and lineage nomenclature, July 4, 2020
「
Clade and lineage nomenclature aids in genomic epidemiology studies of active hCoV-19 viruses
Due to the naturally expanding genetic diversity of hCoV-19 viruses, GISAID introduced a nomenclature system for major clades, developed by Sebastian Maurer-Stroh et al, based on marker mutations within 6 high-level phylogenetic groupings from the early split of S and L, to the further evolution of L into V and G and later of G into GH and GR.
」
これは世界中の研究機関の研究者が自主的に調査アップロード共有しているものであり（世界で６万６千株以上が登録されている）、これが、存在しないとか、でっち上げだというのは、単に狂気の沙汰でしかない。
韓国からの報告：具体的に527人のゲノム検査の結果、333人がGH株（Strain）であることが判明している。多数の検査（PCR）によって押さえ込んだとされた韓国も再燃しつつあるが、主たる感染クラスタは、ナイトクラブである。
Seoul: All recent coronavirus clusters in South Korea are seeded mostly by the highly-infectious GH strain of the virus, which is believed to spread six times faster than other types of COVID-19, the Health Ministry’s Centres for Disease Control and Prevention (KCDC) said on Monday.
In early May, South Korea relaxed lockdown but later reimposed some coronavirus-related restrictions amid new local clusters in Seoul and the nearby Gyeonggi-do province.
Since May, the health authorities have confirmed 270 positive COVID-19 cases linked to a young man who visited several nightclubs in Seoul and over 150 more related to a retail logistics centre in the city of Bucheon of the Gyeonggi-do province. Most of the cases from both clusters are linked to the GH strain.
The KCDC has sequenced genomes of 526 coronavirus-positive patients and the GH stain was confirmed in 333 cases.
According to the World Health Organisation (WHO), COVID-19 is classified into seven different strains — S, V, L, G, GH, GR and O (others) — and GH is the most aggressive among them.
South Korea has identified all strains of the virus since the start of the outbreak, except for the L strain. The G, GH and GR stains started to spread in the country from April-May.
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「
＞GH種は、今までのものと比べ６倍以上感染力が強い
よって、（日本の場合も）感染の主流がGH種であることが確認されれば、
それは「第２波」と言って良いだろう。
注意されたいのは、ワクチン開発と一口にいうが、
どの種に対するものなのか、は極めて重要である。
GH種が主流となったのはこの１-２ヶ月である。
4月4日の分布図には、GH種は登場すらしていない。
SGVOの４種だ。一方で当初騒がれたL種は、この時点（4月4日）で既に消滅している。
」
Re-Shared Comment:
「
＞マスク効くか？（新規Cladeに対し）
マスクは効きます。（Droplets（飛沫）はもちろんですが、
エアロゾル（３時間、4,5mの範囲において感染力が確認されている）に対しても。マスクの有効性は、世界中で追認されている。なのでレストランで予約を取る場合は、個室であっても、「最初の客」になることが重要）
派生の強化は、スパイクに対してされているので、EGCG（緑茶）は増強の必要がある。あるいはクミン（カレー）を併用摂取すると良い。これらは、スパイク結合に対し、レムデシビルよりもはるかに高いブロック効果を持つ（超多数回詳細紹介済）。
EGCG とクミンは、このスパイク結合（ACE2）阻止力の地球上に存在する全てのもの（医薬品を含む）のランキングのツートップである。
また、感染力が強いことと、重症化率が高いことは必ずしも相関しない。（むしろ逆の場合も多い）
ウィルスにとって最悪なのは、宿主が重症化し、サイトカインストームを起こし、身体中に血栓が散らばることで、自分の弱いところで発症（臓器不全）し宿主が死んでしまい、しかもCOVID-19だということで、火葬され自分もそこで息絶えることである。（日本では何れにせよ火葬だが）
よって、重症化率、致死率が極めて高いものは、絶滅しやすい。
一番感染に有利なのは、無症状なのである。
（当初より、COVID-19は、このバランスが素晴らしく良くできているので、最強のウィルス、人工ではないかと疑義を持たれ続けている。）
」
【写真】COVID-19. Strains & Clades Update Jun. 14, 2020
Ovid-19進化の様相。
初期：S、L
第２期：L →V、G
第３期：V、G （Gが50％以上に）
現在：G → GH、GR（左上図の中心のグラフが、分布を示すが、
現在は、G、GH、GRで全体の６-7割以上を占める）ーーーーーー
参照：https://www.facebook.com/kitagawa.takashi/posts/3196848563742060
